Au milieu du XIIIe siècle Nice, qui fait partie de la Provence, connaît une période troublée.Gênes tente une extension territoriale vers l’ouest, si possible jusqu’au Var, et en 1166 arme quatre galères pour bloquer et ravager les ports provençaux. En 1170, Nice arme une galère pour la ranger dans l’escadre génoise qui contrôle alors le littoral de la Provence orientale. C’est la première indication d’une activité maritime militaire de notre ville. A partir de 1264 il est fait mention d’un arsenal où se construisaient des galères (1). Des aménagements facilitant le déchargement des bateaux et leur réparation ont donc été construits. Nous ne pouvons évaluer l’importance de ces équipements qui, cependant, permettaient de construire des unités importantes.
Cette Nice provençale tient un rôle majeur dans la stratégie navale de Charles 1er et Charles II d’Anjou lancés à la conquête du royaume de Naples : c’est à la fois un comptoir commercial et une base navale militaire. Un document de 1262 cite les noms de Jacques Caïs et de Guillaume Olivari qualifiés d’ « admirallis Niceae » (2). Jacques Caïs avait commandé des galères pour les chevaliers de St. Jean de Jérusalem. Il avait la direction de l’arsenal qu’il confia plus tard au second. Celui-ci, Guillaume Olivari, escortait les bateaux de commerce qui ravitaillaient les comptoirs francs du Proche Orient. Cela lui permit d’armer deux galères à son propre compte. En 1274 il commande cinq galères de Provence orientale, dont trois sont niçoises ; le 15 août dix autres galères de Provence occidentale viennent les rejoindre dans la rade de Villefranche. Dès février 1252 il dirige l’arsenal de Nice. Lors de la campagne italienne de Charles 1er d’Anjou qui débute le 15 mai 1265, il commande quatre galères armées par les niçois (3).
Cette fonction militaire navale de Nice s’affirma sous le règne des successeurs de Charles 1er: Charles II et Robert 1er. Le premier d’abord, crée Villefranche par le rescrit de Brignoles du 8 août 1295. Il voulait ranimer cette partie du littoral et surtout créer une base navale sûre et pratique à peu de distance de l’arsenal de Nice. Peuplement et reconstructions bénéficieront d’immunités et de franchises, tandis que l’accès de la rade sera surveillé par des galères qui feront reconnaître l’autorité comtale jusqu’à 60 lieues marines. De plus un droit de passage est institué sur tous les bâtiments qui relâchent dans le nouveau port. C’est la naissance du fameux « Droit de Villefranche ». Après la dédition de 1388, il sera rétabli dès 1426 par le duc de Savoie Amédée VIII ; il permettra de financer en partie la marine savoisienne. Sous le règne de Robert 1er, en 1317, des galères niçoises font partie d’une escadre qui se porte au secours de Gênes assiégée par les gibelins ; en 1326 des bateaux niçois participent à une opération navale contre la Sicile et la Toscane; en 1330 une autre galère de Nice se joint aux forces de la reine Jeanne tentant de dégager Aversa, port au nord de Naples, assiégée par le parti hongrois (4).
Reste que l’activité de l’arsenal est irrégulière. Ainsi le 16 mai 1366, alors qu’il est quasi ruiné, sans couverture et nécessite des réparations urgentes, le sénéchal Raymond d’Agout le cède en emphytéose perpétuelle à la ville de Nice. Ce bail le localise précisément : le long des murailles de la ville à la Marine, près de l’église des Frères Prêcheurs, à l’endroit où abordent les barques et diverses embarcations ; il s’agit donc de l’extrémité occidentale du Cours Saleya d’aujourd’hui. En 1383 il est retourné au domaine royal, ce que les niçois déplorent car ils ne peuvent plus y construire de navires sans autorisation de la cour comtale. En 1388 Nice et son comté passent sous la domination de la Maison de Savoie. L’arsenal a alors une activité certaine puisque les Frères Prêcheurs, qui avaient leur couvent à proximité immédiate (c’est l’actuel Palais de Justice), s’approprièrent assez vite la perception des offrandes faites à l’occasion de la bénédiction des navires lancés ou réparés dans l’arsenal et des barques de pêche. Le chapitre se dresse vigoureusement contre cet usage qui le prive de ses droits. En dépit d’un accord passé en 1367, le différend persiste. Il ira jusqu’à saisir le concile de Bâle du litige. Une enquête est diligentée en mars 1444. Finalement le 20 mai 1446 le pape Félix V (qui n’est autre que l’ex-duc de Savoie Amédée VIII) confirme les droits sur l’arsenal aux dominicains. Ce n’est qu’en 1449 que l’arsenal est définitivement cédé à la Ville. Au XVe siècle son activité bat son plein. On y construit des embarcations légères typiques de la Méditerranée, chaloupes, canots, comme c’est le cas en 1461 une annexe pour le service de la galère « St Antoine-de-Padoue ». Mais des bâtiments importants y sont aussi lancés. Le 19 février 1468 Amédée IX duc de Savoie ordonne la mise en chantier de la galère « Santa Maria-de-Auxilio » et la même année le richissime armateur niçois Christophe Gioffredo s’engage à faire construire pour la duchesse Yolande (5) la « Santa Maria ». Il s’agit d’une grande galéasse de 1.000 quintaux de jauge armée par 200 hommes d’équipage et dont le coût s’éleva à 6.000 ducats. A leur tour les frères Galléan y font lancer l’un des plus grands vaisseaux de l’époque le « Santa Maria-e-San Rafaele » achevé en 1489.
On retrouve mention de cet arsenal, que certains documents nomment « Tercenal », dans un acte du 2 septembre 1513 : ce ne sont plus alors que « pâturages et vacants ». Cette déchéance sera de courte durée puisqu’en 1522 les chevaliers de St Jean-de-Jérusalem y font construire le premier « cuirassé » de l’histoire maritime, la proverbiale « Nau de Rodi ». Dès le fin de l’année elle est remorquée à Villefranche et c’est là qu’elle reçut ses ponts, ses gréements, son accastillage, pour être parée dans le courant de 1523. Le Grand-Maître Philippe Villiers de l’Isle Adam y embarqua le 26 octobre 1530 pour aller prendre la possession de l’île de Malte. Cette activité, centrée à la fois sur Nice et sur Villefranche, suppose la présence de spécialistes du travail du bois, de charpentiers et d’ingénieurs navals, de sculpteurs et décorateurs très expérimentés. C’est l’indice du développement d’une prospérité niçoise assez méconnue. Enfin en septembre 1571 trois galères niçoises rallient la flotte espagnole qui, en route pour Lépante, relâche quelques heures à Villefranche.
Mais le site de Villefranche était loin de la ville et on préférait chaque fois que c’était possible, utiliser les plages des Ponchettes et de Lympia pour y débarquer marchandises et passagers. Aussi très tôt se manifesta le désir d’aménager un port en liaison directe avec la ville. C’est ce que tentera Emmanuel-Philibert dans les années 1560-65. De nombreux projets seront établis tout au long du XVIIe et au début du XVIIIe siècle, avant que ne débutent les travaux du port de Lympia en 1749.